Dem Arten- und Biotopschutz kommt im Biosphärenreservat eine besondere Bedeutung zu. Das wichtigste Ziel dabei ist die Durchsetzung von nachhaltigen Bewirtschaftungsformen hauptsächlich in den Bereichen der Land-, Forst- und Fischereiwirtschaft. Die Naturschutzbehörden arbeiten deshalb eng mit den einzelnen Bewirtschaftern zusammen und legen gemeinsam die Art und Weise der Bewirtschaftung fest. Für entsprechende Naturschutzleistungen werden den jeweiligen Betrieben oder Einzelpersonen Fördermittel ausgereicht.

Die Instrumente im Freistaat Sachsen sind hauptsächlich Förderprogramm "Umweltgerechte Landwirtschaft", wobei meistens das Teilprogramm "Naturschutz und Erhalt der Kulturlandschaft" (NAK) genutzt wird. Darüber hinaus kommen die Landschaftspflegerichtlinie und die Biotoppflegerichtlinie des Freistaates sowie zum Teil (weil auslaufend) noch der Vertragsnaturschutz zur Anwendung.